第二十七关：金刚的巢穴
向前又来到了一处古迹，会发现前面有着许多的翼龙，可以清除也可以不加理会，一口气冲过去，到里面在跳下河，一路游到河的尽头，就到金刚的家了。这时候金刚睡着了，而安在它的身边，靠近安后按E键可以叫安下来，没想到安一下水，就出现了大虫来攻击，这时安叫了起来，同时也叫醒了金刚，本关结束！

第二十八关：巢穴之战
角色变回了金刚，跟这些大虫的战斗还算简单，冲撞很有效率，也可以按鼠标右键，抓一只大虫来当鞭耍，一直甩鞭到全部的大虫都被KO之后，本关结束！

第二十九关：逃脱
本关没有战斗，角色变回杰克，跟着安跳下河上木筏，两人说了会话，直到看见金刚，本关结束！
第三十关：被金刚追赶
出了岩洞之后，会看到2只暴龙在自相残杀，和安一起躲到右边的小石屋，安会先往外跑一会，马上就回到小石屋躲着。接下来需要一点的耐心，利用小石屋内取用不尽的骨标枪，慢慢的将外面的2只暴龙和翼龙给射死之后，再去点火烧掉荆棘杂草，然后一路前进到休息小屋，本关结束！

第三十一关：沿路返回
这段路上的怪物不少，从休息小屋出发后，爬上阶梯后要先对付1只暴龙，然后烧掉荆棘杂草，往前马上有2只小暴龙、2只翼龙，再往前又来1只暴龙，再往前接连出现4只小暴龙，整个过程全靠几只木标枪，如果标射的准度不够，很容易在此光荣牺牲，顺利清完所有怪物之后，往前在到休息小屋，本关结束！

第三十二关：回到村庄
本关没有战斗，从休息小站出来后，点火烧光荆棘杂草后，找出一条小山路，一路穿行，就会来到土人的村庄，安想爬上去弄条通路，结果被土人设下的陷阱抓个正着，本关结束！

第三十三关：金刚被俘
角色换回金刚，一路杀进土人村落，基本上没有太大的难题，只有在一个木门前，必须先往右跳，去清除在高台上放冷箭的土人，才能顺利推开石柱，破门前进，然后中间有一段上爬通道被阻碍，要先爬上石柱，放安去点火烧掉障碍，就能往上爬，之后安劝金刚不要再往前，但金刚还是把安送到海边，结果卡尔等人早以埋伏，金刚一出现，就遭到强力麻醉攻击而倒地不醒，本关结束！

第三十四关：金刚倒下
本关没有战斗，安会质问卡尔，两人进行对话后，本关结束！

第三十五关：纽约街道
金刚被带到纽约展览，等金刚醒来的时候会发现被铐在展览架上，等开幕之后，连按鼠标右键或滚轮，就能扯断锁链逃出来，然后就进入纽约街道混战，军警这时会开着车用着机枪来扫射金刚，在此最常用的是抓起车子(按鼠标右键)，以投掷的方式(再按鼠标右键)去攻击远处的警车和墙上的探照灯，一直来到通往帝国大厦的铁门之前，本关结束！

第三十六关：帝国大厦
到了帝国大厦时，安会出来和金刚相见，金刚让安上了他的手掌之后，就开始往上爬，一直爬到顶楼之后，军方派来了战斗机来扫射金刚，这时无论是选择攻击战斗机还是被扫射，最后金刚都会因体力不支而从帝国大厦顶楼堕落，骷髅岛之王也就在此结束其铁汉柔情的生命！

第三十七关：制作小组
看看国外的研发、产品、市场等团队的强大阵容，真让人羡慕啊！

完美结局
挑战故事模式后，系统就会根据你过关的时间和伤害的次数来给你分数。还有就是你的完成度，你在故事模式随着你的进度会有所增加。完成度100%并分数达到250000，就能开启隐藏结局。

隐藏结局：
控制金刚在帝国大厦顶楼坚持，能躲战斗机扫射就躲！等下面四盏探照灯照上来后，角色会变成杰克在开战斗机，先把楼下的四盏探照灯全部打掉，然后小心其他的战斗机会向你的攻击，过一会金刚就会从楼上爬了下来，跑回去自己的故乡，而杰克和安会乘着飞机看望金刚，Happy Ending！