故事发生不久的将来，2052年时世界一片混乱，洪水爆发、经济衰败、污染遍地、恐怖活动横行，绝症'灰死病'（Gray Death）到处肆虐。玩家扮演身上加装'分子机械'的新一代人类，为'联合国反恐怖联盟'（UNATCO，United Nation Anti-Terrorist Coalition，这是真实存在的组织）新进探员，奉命调查'灰死病'疫苗在运送途中被恐怖份子劫持的事件，而在逐渐深入调查之后发现疫苗事件只是冰山一角。朋友与敌人的界线慢慢模糊甚至掉换，每一件事背后似乎都有骇人听闻的阴谋，而全部的阴谋都指向同一个组织，一个隐匿数年准备一举接管全世界的地下团体。

　　1． New York Liberty Island

　　一开始你位于SOUTH DOCK，向前走，在右边地上可以捡到一个撬杆。打碎旁边的木箱可以捡到望远镜（其他的东西没什么实际用处，不捡也罢）。继续走转左，看到一个黑衣人，他就是你哥哥PAUL DENTON了，对话后了解一些信息并接受任务--去图书馆解救人质。最后他会让你从狙击枪，GEP GUN（发射榴弹）或者弩三种武器中挑一件（我选了狙击枪），挑完就可以从出口出去了。出了SOUTH DOCK向右转贴着墙一直走，躲开巡逻的NSF恐怖分子（当然也可以一路杀过去），到达NORTH DOCK的入口，里面有两个恐怖分子，干掉他们之后，走去海边的小屋，见到HARLEY FIBEN，跟他谈话（对话是有个选择，我选了YOU CAN TRUST ME），拿到正门钥匙和恐怖分子头子的相片之后就可以离开了。屋里有一个女孩DRIFT，和她对话可获取一些子弹。离开NORTH DOCK，准备进入图书馆，这里有两种方法。

　　方法一：出了NORTH DOCK一直走，穿过一段很黑的路段之后，就来到了图书馆正门附近。恐怖分子在门口设置了一个自动防卫机器人来回巡逻，小心地躲开它（只要不在它正面出现或攻击它就没事），先走去对面，在一个箱子顶上看到一个电子记事本，阅读它可得到正门控制器的用户名和密码（用户名：NSF001，密码：SMASHTHESTATE）。趁防卫机器人走到另外一边的时候，赶快跑到正门前面，在左边的墙上发现控制器，打开它输入刚才得到的用户名和密码，启动控制器，打开正门并关掉正门上边的感应控制机关枪。从正门进去，小心躲开守卫和墙上的感应器（这里要万分小心，被发现的话，会有守卫拉响警报导致大批恐怖分子冲出来），从大厅雕塑后面的楼梯上去，往上走一直到顶楼。

　　方法二：出了NORTH DOCK向左走（就是来的时候经过的路），走到摆放了一大堆集装箱的地方。从梯子上去（有些跳不上去的地方可搬动旁边的箱子来垫脚），这样就可以到达图书馆的屋顶。干掉屋顶的守卫，走到一个有斜坡向上的地方。这里可以从斜坡下面的门口进去，沿楼梯往上走。或者沿斜坡向上，上面一共有四个入口，其中一个有两个守卫，另外三个有感应毒气释放器（可以摘下来）。进去以后，从中间屋子左边的楼梯向上。

　　终于来到了最高一层，看到了恐怖分子头子，和他对话之后，（不要激怒他，对话的时候选TELL ME ABOUT THE SHIPMENT AND I'LL ORDER THE TROOPS TO PICK YOU UP AS A PRISONER INSTEAD OF CORPSE）图书馆的任务就完成了，整个LIBERTY ISLAND地区都安全了。离开图书馆，来到UNATCO HQ（UNATCO总部，就在SOUTH DOCK出口附近），和门口的PAUL对话之后，进入总部，沿楼梯向下，来到地下第二层，进入JOSEPH MANDERLEY的办公室。进去以后，先和他的秘书交谈，拿到用户名和密码（用户名：JCD，密码：BIONICMAN），以后就可以在电脑上查询一些资料了。

　　进入里屋，和MANDERLEY交谈之后。出了办公室，在向下走，来到地下第三层，在JAIME REYES处接受身体检查，在SAM CARTOR那里取得装备。然后回到第二层MANDERLEY的办公室，和PAUL以及MANDERLEY对话之后，出来进入旁边的休息室，进入休息室里右边的门，看到里面有一男一女在争论些什么，和那个女探员对话，得知她就是ANNA NAVORRE，自己将来的行动同伴。来到一开始的SOUTH DOCK，看到海边有一艘船，上船（对准船右击鼠标）就可以离开LIBERTY ISLAND了。

　　2. NewYork Battery Park

　　来到码头，跟着NAVORRE后边一直跑到CASTLE CLITON门口，和她交谈两句，然后从正门进去，干掉在院子里巡逻的几个守卫之后，进入正中的破房子，撬开地上的一个锁住的箱子，阅读里面的一个电子记事本可得到一个密码--666，撬开旁边的门，进去以后，在墙上的控制器输入刚才得到的密码。这时候地上的挡板会打开，走进去。下了楼梯，马上把左边墙上的开关按下。打开左边的门，干掉里面的一个守卫，下楼梯以后蹲着走，避开墙上的感应器，来到另外一间屋，所要找的MABROSIA STORGE CONTAINER（一个绿色的东西）就在右边的门口里，进去以后干掉左边天桥上的一个守卫，右键点击它（这里动作要快，否则激活墙上的自动机枪就麻烦了），就可以完成这个任务了。原路返回，和NAVORRE对话，得到一些装备以后，就可以去地铁站了。

　　这里有另外一个方法进入CASTLE CLITON，在码头会碰到一个小孩，和他对话，他会向你讨吃的。如果你身上有，他会告诉你偷听到的NFS密码（9183），撬开码头上一个自动贩卖机旁边的盒子，在里面的控制器里输入刚才得到的密码，自动贩卖机会移开，这里是CASTLE CLITON里面那些屋子的后门，一直走也能找到MABROSIA STORGE CONTAINER。这样可以避免院子里的战斗。

　　到了地铁站（在CASTLE CLITON左边），干掉楼梯下面的几个守卫，跳过箱子。发现楼梯被红外线网封锁了，如果硬闯的话，会引发月台上的炸弹，伤害到人质的安全，原路返回出了地铁站，搜索周围的几间屋子，发现一个冒着气的排气管道，掀开盖子进去，找到一个出口，可以跳到月台上，干掉月台上全部的守卫以后（小心地上标着TNT的箱子），人质就安全了。按下地铁门旁边的开关，开门进去，地铁就会把你送到HELL'KITCHEN。到了那里，在月台上遇到PAUL，他交给你新的任务。出了地铁站，向右走，看到两个警察，再向前走一点。就来到了TON HOTEL的正门。

　　进去以后，走到大堂，看到了职员GILBERT RETON，干掉躲在他旁边的恐怖分子以后，他会告诉你楼上还有两个。沿楼梯上去，干掉另外两个恐怖分子。和那个男的对话可以得到一个密码--RIGHTEOUS。然后就可以去PAUL的房间了（门口放着报纸的），撬开房门进去，来到大厅，阅读茶几上的电子记事本可获得密码。然后揭开中间柱子上的一幅画，看到后面的控制器。输入刚才得到的密码--4321，就可以打开茶几后面的门。进去以后，可得到大量道具。阅读地上的电子记事本，得到PAUL的计算机信息（用户名：PALENTON，密码：CHAMELEON）。

　　这里有另一个方法进入酒店：在遇到两个警察的地方，后面的墙上有个洞，钻进去，用旁边的箱子垫脚，跳起来抓住梯子爬上去。从开着的窗子进去，就是PAUL的房间了。

　　出了酒店，来到地铁站前面街上的THE UNDERGROUND酒吧（门上有红灯，最好不要手持武器进去，否则会有麻烦），和吧台旁边的一个黑衣男子对话，他会两次让你买啤酒给他，在旁边买了交给他，就可以听到所有信息了（记住SMUGGLER）。继续往里走，会有一个女的让你帮忙就她的朋友。从酒吧后门出来，在右边的一个拱形门洞里，看到一男一女。和那个男的对话，选最后一个把他吓跑，救下刚才那个女孩的朋友SANDRA REATON。和她对话，她会告诉你想进入JOJO'WAREHOUSE有两条路可以走，正门有大量自动武器守卫，十分危险。另外从房顶也可以进去，守卫较松。来到酒店旁边，这里警察和恐怖分子正在激烈交战，站在旁边看热闹，等战斗结束以后，上去捡东西。然后从OSGOOD