序

江湖传言，武林前辈天地双尊每隔十八年在武林出现一次，挑选武功、品德具高者授予“赏善罚恶令”，并传授寒玉功，令其在十八年内主持正义，赏善罚恶。十八年前，华东水灾，朝廷拨款七百万两，扬州盐商捐款一千四百万两救灾。巨款交由八十四家镖局免费联保。为防万一，同时出次二十万两，请十大恶人护镖。没成想十大恶人中的陇外双魔见财起意，在猛虎谷毒昏其他恶，杀害了镖官兵和镖师，劫走镖银。这起大案引得天地双瘭重现江湖，授予移花宫主赏善罚恶令，追查元凶。陇外双魔作案后，远走他乡，罪名自然栽到十大恶人身上。移花宫主驾临恶人谷兴师问罪。关键时刻，大侠燕南天赶来（他是移花宫主的丈夫），想化解双方误会，但移花宫主固执已见，导致夫妻失和，刀兵相见。最后燕南天以雷霆刀法险胜移花宫主，自己也被宫主的寒玉功伤成废人。为报答燕南天相救之恩并报复移花宫主，恶人们打算把燕南天的儿子小鱼儿抚养成人。移花宫主回移花宫后，也万中选一，物色了一名女传人。
十八年后，小鱼儿在恶人谷长大成人……

恶人谷

小鱼儿从床上起来，闲极无聊，从房间的书柜里取得吃饭的家伙――假手（在战斗中真气消耗过巨时可以使用骗术）。刚要出门，谷内一人来报信说谷口有人闹事。小鱼儿急忙来到谷口，打退来人。又和谷口之人东拉西扯一阵，忽有人来报说嘴爸（李大嘴）和娇妈（屠娇娇）找他。小鱼儿来到大树下，大家商议参加武林城的赏善罚恶令争霸比赛，又是一番贫嘴后，决定小鱼儿和嘴爸、娇妈一起去。临行前，小鱼儿向各位前辈每人讨到一招武功――在钟三、钟四处习得凝神聚元，用于战斗中当回气不及，真气消耗巨大以致战斗力全失时，可将体力转成真气；在铁战处学得金刚战气，可借本身的真气提升战斗力；再向萧咪咪讨得护体真气入门式，在战斗中可增加防御力；到白开心处贫嘴一番得到骗行天下第二式――偷天换日，可在战斗中当真气消耗巨大以致战斗力全失时使用，能从敌人身上偷到银两；绕过阎王医门前的石头阵，阎王医也给小鱼儿一样、物品；再将恶人谷中的所有宝箱搜上一启遍，最后到谷后与药缸里的燕南天告别。当路过后山瀑布时小鱼儿找到了雷霆刀谱，但想起恶人谷口的老人曾说，谷口插在花岗石上的雷霆刀无人可以拔下来，于是前去一试，果然纹丝不动。

天山这旅

在谷口小鱼儿和嘴爸娇妈商量好，二老去弄武林帖，小鱼儿闲逛一逛，三天后在武林城门口相见。小鱼儿往武林城方向走去，不料半路上在一处树林里遭到伏击，被女山贼捉到山上，正巧移花宫少主花无缺前来灭山，杀了女山贼。小鱼儿趁乱藏身地穴中，因窥到花无缺的真面目而一见钟情。
离开匪巢后到前面树林中找到不少宝物，而后小鱼儿顺原路返回。从东边（右下角）的小路往天山方向走，嘴爸、娇妈也从后面赶来要一同前往。从森林左上角进入，森林中有许多在道具店买不到的物品和武器，有的攻击力、防御力很强，有的则中以卖个好价钱。
从右下角走出，来到凌霄城，城中酒店有个流氓骚扰善良百姓，小鱼儿和他文斗一番后又武斗，三下五除二便降伏了。
在城中找人聊聊天可得知一些重要事情和特殊地点。如从城北门出城可到天山派，从东门出城可到点苍派；武林中有“五城一宫一谷”，分别是欢乐城，武林城、洛水城、凌霄城、碧山城、移花宫、恶人谷。
出北城门，从森林左下角进入，右上角走出，来到九华村。从村民口中了解到村中有一古井，每年太过干旱时就有怪物出现，村里为此人心慌慌。据说十八年前曾有雷大侠制服过这个怪物，但现在雷大侠已经年老，身手大不如前，无法再解救村子了。又从一村民的口中得除了妖怪，才能娶他的女儿。于是找到村长家，了解到事情的始末，再找到雷大侠请教古井中怪物的弱点，得知那怪物其实是只赤血蟾，弱点在脖子。小鱼儿抖擞精神，费了九牛二虎之力缍干掉了那只大蛤蟆，回村长处领取奖金1000两，同时也成全了雷大侠之子和村长女儿的好事。
从村北出村，前面的两座森林都是从右下角走出。再经过谷地从右下角走出，来到双溪村。此地村民都害怕村中的“双溪权威”，只加这家伙与山贼勾结，才得以横行乡里，“权威”还把朝廷拨发的赈灾款私吞了。小鱼儿找到“权威”，灭了他的嚣张气焰，并得银2000两。但当走到南方木桥前时，被“权威”和他的山贼帮手拦住去路，是投降还是反抗？如果投降，山贼会被小鱼儿的某种行为所感动，把“权威”捉起来杀掉，并从村代表处得到万年雪莲；如果选择反抗，就要看你的武功级别了。
出了双溪村，从前面森林右上角进入，右下角走出，来到天山派。有人说天山派的武功天下无敌，但也有人说在这里没什么发展前途，打算走人，而掌门在门秆心中的威望也不是很高，从小莲口中得知她还是依然深受着天山掌门武天装。在南门前小鱼儿遇到了武天装，说教了他一通，他被小莲的深情感动，为了表示感谢，给了小鱼儿绝岭之钥。
接下来的两座森林都是从左上角进入，右下角走出。来到碧山城，这里的贪官与匪人勾结，压榨百姓，叫城中百姓有苦难方。既然叫小鱼儿碰上了，焉有不管之理？教训过贪官后竟意外地得到了万年雪莲和提升十个等级的奖励。
听城里人说，城北门外的森林里有条大毒蛇盘踞，小鱼儿立刻赶去查看。果然碰那条大长虫，杀死它后从其身下找到一柄短剑，这便是多年前一代奇侠所持双剑之――郎情剑，剑尖而短，质地精纯，如能配上妾意剑及郎情妾意剑法，则威力更胜寒玉功。
回到城里，从西边城门出去，到达绝岭脚下。听城中人说，约岭是养老隐居的好地方。在绝岭断桥西边有条看不见的小路可通岭顶（但是如果小鱼儿身边有女伴，可借助绝岭之钥的力量直接通过断桥）。在岭顶小鱼儿见到了百晓生，“……真正的傲世绝学不是学来的而是自己司到的……”。如果小鱼儿身边有女伴，可以司到雷霆刀法第四式。倘若只有小鱼儿和嘴爸娇妈三人，就无需上绝岭了，返回凌霄城。

点苍之行

从凌霄城东门出城，从森林左上角进入，右上角走出，进稻安村。在村子北方有一间门前挂着三个灯笼的房子，房子主人的孩子走丢了，小鱼儿在村子的南面找到了小孩，领他回来，主人为表示感激，把家传之宝――贯日神剑赠给了小鱼儿。此剑剑尖小而剑身宽，黄金吞口玄铁护手，攻击力极高。
出村子南门，从森林右上角进入，右下角走出，再经谷底来到点苍派。小鱼儿在城北森林中发现一条双头巨蛇，解决它后得到妾意剑。从点苍的东门出来，穿过两座森林（都是从左上角进入，右下角走出），到达洛水城。从城中人口中得知，前一阵子有个女飞贼偷了城主姚天霸的家传之宝――神农医经，而又有一位女侠来城中看望她青梅竹马的男朋友时，反被诬为盗宝之贼，女侠为证明其清白，未作反抗而被捕入狱。小鱼儿听到此事颇感愤愤不平。来到城北花园，无意中听到城主儿子姚寿和他的女友梅天良的谈话，知道了事情的始末缘由――原来是梅天良偷了医经并栽脏给女侠龙若云，姚寿借机夺取了龙若云的宝剑。更为恶毒的是，他们还要加害龙若云，对这种恶狼，小鱼儿自然不能轻意放过他。于是找到姚寿和梅天良的房间（武器店前面的房子），在床上枕头下果然发现了医经。贪心又弱智的李大嘴想要拿走，结果被小钱儿骂了回去。小鱼儿径直来到城主家，吓住门口的蓝衣守卫，见到城主姚天霸，说明一切，又找到了医经。最终城主父子俩表演了一场苦肉计，释放了龙若云。龙姑娘好象看上了小鱼儿，把自己心爱的寒月圣剑送给了他，并邀请小鱼儿有空到欢乐城做客。
此事一过，小鱼儿心里痛快不少，从城内逛到城外，在城北森林中碰上一只巨蜈蚣（记得杀它之前一定要存盘），杀死它后得到一把烈阳皇刀（此刀攻击力在游戏中最高，但如果小鱼儿身边没有女伴，则只好放弃）。出城东门是大明湖，据百姓说这是大侠燕南天和移花宫主定情的地方，果然是风景如画。但如今湖上有蛟龙盘踞，小鱼儿伏着手中的神兵利器，经过一场天错地暗的大战，缍完成了“勇者半恶龙”的伟绩，除掉了蛟龙。随后见到一位神僧，听他说教一番（如果此时小鱼儿身边有女伴相陪，可以司出郎情妾意剑法第二式），而后返回凌霄城，赶奔武林城参加比武大会。

欢乐城

来到武林城前，有个臭小子上来套磁，被小鱼儿臭一顿。用武林帖进到城里，大会还没开始，于是出东门逛。不料正遇上小鱼儿朝暮想的花无缺，小鱼儿在爸妈的诡计协助下“泡”上了她。搞定后小鱼儿在山村和花无缺告别。
大会依然没有开始，小鱼钱想起龙若云姑娘的邀请，便打算借此空闲去欢乐城一趟。出村南行，从森林右上角进入，在右下角的地方有一条隐藏的小路。穿过小路来到移花宫。经过移花宫，从森林左上角进入，右下角走出，便来欢乐城门前。龙姑娘正在城门前眼巴巴地等着小鱼儿。进到城里，见到城主，城主请求小鱼儿把武林城的铁心兰姑娘请来，他怀疑铁姑娘是自己的亲生女儿。开是小鱼儿再次回到武林城，比武大会已经开始。

比武大会

出武林城西门来到比武会场（之前最好存盘），比武场上旌旗飞扬，人头攒动，各方豪杰汇集于此，争夺武林霸主。花无缺下场比武，打败几人后，武林城主江别鹤出场，使诡计击倒花无缺。移花宫主抢出救援，江别鹤此际道出小鱼儿就是燕南天和移花宫主之子的隐情，引得移花宫主中毒发疯，生命危在旦夕，铁心兰姑娘上前舍身相救，结果也被打伤。现在小鱼儿面临这样重大的选择――是救下自己的亲生母亲移花宫主江怜月呢？还是救下舍己救人的铁心兰呢？

结局一

小鱼儿救下了自己的亲生母亲，尽管她没能尽到一个母亲应有的职责。回到恶人谷中，黄山双隐说欢乐城主有一株千年灵芝，再配上他们的独门秘方就可以救活移花宫主。小鱼儿再次厚着脸皮来到欢乐城见到城主，说明来意。城主抱怨小鱼儿不救他女儿铁心兰，幸亏他让龙姑娘去了一趟武林城，及时救下铁心兰。不过铁姑娘还是原谅了小鱼，与小鱼儿合演了一出戏，城主看到这里，也只好拿出了千年灵芝，然后交小鱼儿唯哄出了救活了在药缸里泡了十八年的燕南天。花无缺的毒也解了，看来分离了十八年的亲情又回到了小鱼儿的身边，再次来到武林城，击败江玉郎，不料被他老奸巨滑的父亲江别鹤救走了。大伙再次追到比武会场，一起除掉了这大奸大恶的江别鹤。

结局二

小鱼儿救下了铁心兰姑娘。回到恶人谷后，上鱼儿对她说明欢乐城主的意思，带她来到欢乐城（途中凌霄城的方向不让去了）。你女认亲以后，龙姑娘和铁姑娘一起加入队伍。在欢乐城东门外有一处瀑布，当三人走到瀑布下歇息时，小鱼儿司出了郎情妾意剑法的第三式，再访点苍、天山派，学武功、取宝刀（不过已经没有太大用处了，但可以提升事件完成度）。归来后，大家再次整装来到武林城，打败江玉郎并追踪江别鹤到比武会场，一起除掉这个老奸巨滑、老谋深算的阴险小人。
……几年以后，小鱼儿追逐着调皮的捣蛋儿子到处跑……