故事的情节是，中途岛号返回联邦军队的地球基地，受到热烈表彰，联邦的高层领导决定把中途岛号的优秀飞行员们派往新建成的快速攻击航空母舰------TCS-Cerberus。

第一章 DEEP BLACK

第一关
为Cerberus护航，扫清前进途中的所有敌机，Cerberus将用你的巡航数据校正跳跃程序。这关要速战速决，不能让异形抢先使用跳跃点逃走，否则Cerberus将无法校对跳跃程序。
　　本关导航点数量：2

第二关
大批敌机逼近，紧急升空，拦截敌机。在这里我要对F-110A黄蜂式截击机的性能作一点补充。玩家是不是注意过F-110A的独特的造型，T形的机身，颇奇怪。F-110A与其它联邦战机的不同就在她那T形机身的尾部，那是一个外挂的助推火箭，在拦截敌机时可以使飞机在短时间内抵达战场，赢得时间。用B键启动它，战机将会以3000的速度飞行，哇塞！简直就是电影《星球大战》里的光速飞行嘛！
　　注：该助推火箭一旦启动就无法关闭，它将一直燃烧直至油料耗尽，那时你的F-110A看起来就象是个火柴盒。
　　本关导航点数量：1

第三关
在这一星系发现有大量异形存在，Cerberus将被迫实施战术转移。掩护Cerberus抵达通往Ella星系的跳跃点，以免冒被数量不明的异形追击之险。
　　本关导航点数量：3

第四关
大批敌机逼近，紧急升空应战，不惜一切代价保护母舰！
　　注：这关的敌机分两波实施攻击，第二波的威胁较大，当然第一波也不容忽视，速战速决！
　　本关导航点数量：1

第二章 THICKENING (密码：ACHERON)

第五关
刚刚跳跃到Ella星系，就发现有大批敌机。全力保卫Cerberus，干掉所有的敌机！
　　本关导航点数量：5

第六关
位于Ella星系的异形实力还没有摸清。你的任务是巡航所有的导航点，调查敌情。如与敌机遭遇，不留活口！
　　注：在第三个导航点会有几架Excalibur型友机助战。
　　本关导航点数量：4

第七关
Ella星系的联邦太空站已经在我们的通讯距离内了。她的护航机群报告在巡逻中发现一艘驱逐舰级别的大型敌舰。搜索所有的导航点，如发现敌舰，立即摧毁！
　　注：在第一个导航点的敌机被消灭干净后会从Cerberus传来新任务：太空站遭到异形袭击，立即增援！拦截所有的敌远程轰炸机，一个也不能放走！
　　本关导航点数量：3

第八关
一队由一艘Plunkett级重型巡洋舰TCS-Tereshkova号和两艘Murphy级驱逐舰TCS-Kuznetsova号、 TCS-Leonov号组成的联邦舰队将从Verpus星系跳跃到Ella星系。你的任务是巡逻Cerberus与跳跃点之间的所有导航点，消灭遭遇到的所有敌机，接应友舰并护送她们返回。
　　本关导航点数量：3

第九关
掩护Cerberus向Cygnus星系的跳跃点进发，摧毁途中所有的敌机。
　　本关导航点数量：3

第十关
Cerberus要通过Cygnus星系的跳跃点，异形可能已经派遣了部队前往那里，并抢先占据了有利位置。尽快地护送Cerberus赶到跳跃点。如果我们能在敌人主力到达之前赶到， Cerberus将会不被察觉地进入Cygnus星系。
　　注：由于敌人早已封锁了通往Cygnus星系的跳跃点，在消灭了第一批敌机后目的地改变为Talos星系。
　　本关导航点数量：2

第三章 HIDE AND SEEK (密码：TMA-1)

第十一关
一支以TCS-Shy Meadows为首的联邦运输舰队正遭到大量异形的攻击，这是一个紧急救援任务，火速出击！
　　注：除非你是骨灰级的资深银河飞将玩家，建议先用秘技(详见本文“后记”)“搞”掉一半以上的敌机，你有信心在60秒内敲掉10架以上的敌机吗？
　　本关导航点数量：1

第十二关
情报部门推测异形正调动大量兵力准备对Sol星系发起猛攻。 Cerberus必须赶到Cygnus星系以分散敌人的兵力，增加联邦瓦解异形攻势的机会。首先， Cerberus应立即到达Talos星系的联邦空间站。你的任务是为Cerberus提供护航，摧毁所有敌机。
　　本关导航点数量：3

第十三关
TCS-Foehammer号驱逐舰已进入Talos星系增援我们， Cerberus的飞行编队将与她的Excalibur型战斗机混合编队进行巡逻，消灭遭遇的所有敌机。
　　本关导航点数量：4

第十四关
护送运输舰队到通往Sol星系的跳跃点。
　　注：敌人将分两批袭击我们，第一批为轻型战斗机，第二批为轰炸机和轻型巡洋舰。
　　本关导航点数量：1

第十五关
Talos星系空间站的数据证实了敌驱逐舰的存在。我们将对其及其辅助舰支发起攻击。在全歼敌人后空间站将帮助Cerberus安全地跳跃到Cygnus星系，继续搜寻异形的踪迹。
　　本关导航点数量：2

第四章 CYGNUS TRIANGLE (密码：LAUMER)

第十六关
：Cerberus已进入了Cygnus星系，并探测出附近存在大量异形。你的任务是巡逻所有的导航点，消灭所有来犯敌机。
　　本关导航点数量：3

第十七关
在上一个任务中受到求救信号，立即前往救援。
　　本关导航点数量：3

第十八关
Cerberus的医疗设施不足以救治被救回的伤员，我们必须在12小时内为他们另找一条出路。情报部门根据附近异形的活动推测它们很可能已经封锁了Luyten星系和Kreiger星系。按照联邦总部的命令，Cerberus将深入Cygnus星系搜寻异形的踪迹，弄一个水落石出。你的任务是巡逻所有的导航点，消灭所有来犯敌机。
　　注：此次任务中将救回一条医疗船TCS-Twilight Purchase号，伤员的问题迎刃而解。
　　本关导航点数量：3

第十九关
尽管还没有明确的方位，情报部门认为在这一星系有一艘大型敌舰。搜索并找出它的方位，然后摧毁它。
　　本关导航点数量：3

第二十关
发现敌舰，立即出击！并护送Cerberus到达通往Luyten星系的跳跃点。
　　本关导航点数量：2

第五章 VIRAL LEGACY (密码：KASPAROV)

第二十一关
大量敌机来犯，紧急升空应战！
　　本关导航点数量：1

第二十二关
此星系的敌方兵力还未查明。巡航所有的导航点，消灭所有敌机。
　　本关导航点数量：3

第二十三关
一艘敌巡洋舰正接近Luyten星系的空间站。立即前往支援，消灭所有的敌机，不惜一切代价保住空间站，Cerberus需要她的重要数据、给养以及补充兵力。
　　注：在第二个导航点敌舰向空间站会发射4枚反舰导弹，要全力截击这4枚导弹，确保无一漏网。在消灭所有敌机后敌巡洋舰会逃走，不必追赶。
　　本关导航点数量：4

第二十四关
Cerberus探测出此星系有一支异形运输舰队，去打发它们上西天吧！
　　本关导航点数量：3

第二十五关
在成功地保卫了空间站之后，我们可以腾出手来打击上次溜掉的异形巡洋舰了。这艘巡洋舰是Luyten星系中存在的三艘大型敌舰之一。在上次对空间站的攻击失败后，它的防御力量会相对弱些。另外， Luyten星系空间站的友机也会协同我们作战。
　　注：要尽快地摧毁敌巡洋舰，以防它狗急跳墙，发射反舰导弹。
　　本关导航点数量：2

第二十六关
在Luyten星系友军的进一步协助下，我们即将能够打破异形的封锁。巡逻所有的导航点，消灭所有敌机。Cerberus将跳跃到Kreiger星系进一步打击异形的封锁。
　　本关导航点数量：3

第六章 DUEL (密码：VEITCH)

第二十七关
Kreiger星系的空间站正被大批敌机围攻。紧急起飞前往救援。
　　本关导航点数量：1

第二十八关
收到此星系友军报告说有大量敌军正向Proxima星系的跳跃点移动。我们将着手逐个解决敌舰。首先，Cerberus将作一次战术转移。你的任务是为Cerberus护航，消灭来犯的所有敌机。
　　本关导航点数量：3

第二十九关
异形在此星系陈以重兵。巡逻各个导航点，消灭所有敌机，如遭遇大型敌舰，摧毁它所有的炮塔和导弹发射塔以便下一个轰炸任务的执行。
　　注：第二个导航点有大批敌机，挺住！
　　本关导航点数量：3

第三十关
趁热打铁，干掉异形的母舰。
　　注：一定要尽快把敌舰摧毁，包括运输舰和轻型巡洋舰，尤其是在第二个导航点。否则敌机会一批又一批地涌出来。
　　本关导航点数量：2

第三十一关
逐步打击的战术证明是有效的，我们将对此星系中的另一艘大型敌舰发起攻击。此舰是异形用来封锁我们通往Proxima星系的通路以及通往周边星系的跳跃点的。为了扭转这种局势， Cerberus首先要作一次转移。你的任务是沿途提供火力支援，拦截企图接近Cerberus的敌机。
　　本关导航点数量：3

第三十二关
异型增援了封锁Proxima星系跳跃点的舰队，这是不能容忍的！立即起飞，趁它们立足未稳，杀它个人仰马翻。先消耗掉敌舰队的护航机群，然后摧毁敌舰的全部炮塔和导弹发射塔，以便下一次轰炸任务的顺利完成。
　　本关导航点数量：1

第三十三关
事不宜迟，轰炸机立即出动！
　　本关导航点数量：1

第三十四关
情报部门推论异形正在利用Proxima星系的双恒星为一个新的Wormhole扭曲空间补充能量，而一旦它完工，在耗尽这两颗恒星的能量前它是无法被摧毁的。我们必须马上支援在Proxima星系中分散的联邦军队，消灭所有的异形。而首当其冲的，就是护送Cerberus到达通往Proxima星系的跳跃点。
　　注：敌人将分多批进攻我们，数量巨大，不容轻视。
　　本关导航点数量：1

第七章 FINISHING STROKE (密码：MOORE)

第三十五关
Cerberus已经进入了Proxima星系，这里是异形出没的核心地带。我们的目标是控制异形的恒星吸附装置，从而阻止它们利用恒星的能量重建Wormhole。首先我们必须控制住Proxima星系。你的任务是巡逻各导航点，消灭所有遭遇的敌机。 　　
本关导航点数量：3

第三十六关
异形的恒星吸附装置位于Proxima星系的中央，由一支大型舰队守卫着。掩护Cerberus前进到Proxima星系的中央从而对其发起攻击，击落所有试图接近的敌机，Kreiger星系的友军会增援我们。
　　本关导航点数量：3

第三十七关
紧急起飞，攻击守卫恒星吸附装置的异形舰队，杀它个片甲不留。
　　本关导航点数量：2

第三十八关
根据技术部门和情报部门的分析，彻底摧毁异形的恒星吸附装置会给Proxima星系带来危险的长期性副作用，因此作战计划改变为攻击异型的作战部队。干净彻底地把虫子们从我们的家里清理除去！
　　注：异形的指挥舰------一艘Dreadnought级的母舰是整个攻击任务的首选目标，能否将其迅速地摧毁直接关系到任务的成败。
　　本关导航点数量：1

后 记
　　来自中途岛号的王牌飞行员们又一次用行动证明了他们的当之无愧。异形在遭受了Kilrah星系的大败之后，又一次在Proxima星系铩羽而归。此役中Terran联邦还夺取了异形的恒星吸附装置，虫虫们元气大伤，一时间无力再对联邦发动攻势，而Cerberus也该进厂大修一下了。又会有什么样的新任务等我们的王牌们去执行呢？

　　就总体而言，“秘密行动”和“预言”并没有什么大差别，毕竟两者使用的引擎是一样的。不同的只是在“秘密行动”中联邦战机的性能有了较大的改善(Vampire的速度快得简直控制不住)，武器的攻击力也更猛了。另外，开启游戏作弊模式的密码也不再是“DYNOMITE”了，而是“SHOEHORN”，不过其它的都还没变，CTRL-I不死，CTRL-F12敌机自毁。

　　在每关任务注释中提到的导航点数目均为有敌机出现的导航点数目，而不是全部导航点数目。